Pythias anvisninger er den tredje og siste delen av trilogien Victoria Bergmans svakhet. Kriminaletterforsker Jeanette Kihlberg begynner å nøste opp i saken om de drepte innvandrerguttene. Hun innser at det er en forbindelse mellom en sekt med pedofile, som følger en skrift kalt Pythias anvisninger, og en svinebonde på en gård i Jylland. Psykolog Sofia Zetterlund presenterer en detaljert profil av gjerningspersonen, som hun beskriver som en ekstremt farlig morder med mange liv på samvittigheten og en forvirret kjønnsidentitet. Når et offer og vitne i en av pedofilisakene forsvinner, må politiet handle raskt for å hindre enda et livstap. Jeanette er uforberedt på den ondskapen hun snart vil møte. Samtidig sliter Sofia med sitt indre kaos, og gjennom sin selvterapi ser hun flere hendelser fra fortiden i et nytt lys.