In TimeSplitters Future Perfect staat de mensheid op het punt weggevaagd te worden door de kwaadaardige TimeSplitters. Cortez, de keiharde held uit de eerdere delen, moet in een race tegen de klok ontdekken waar de Time Splitters vandaan komen. Met de hulp van een paar oude bekenden jaagt Cortez door verschillende tijdsperiodes een geheimzinnige vijand achterna in een poging achter de oorsprong van de TimeSplitters te komen en daarmee de mensheid te redden.TimeSplitters Future Perfect speelt zich af in verschillende tijdsperiodes. Je belandt op verschillende plekken op aarde in de jaren '10, '60 en '90 en in de nabije en verre toekomst. De verschillende periodes staan borg voor unieke gameplay omdat per tijdperk alle wapens, gadgets, personages en omgevingen veranderen. Het tijdreizen veroorzaakt soms tijdparadoxen. Zo kun je een versie van jezelf uit het verleden of de toekomst tegenkomen.
