In Underwater Cities i giocatori rappresentano i cervelli più potenti del mondo, cervelli nominati a causa della sovrappopolazione della Terra per stabilire le migliori e più vivibili aree sottomarine possibili. Il principio principale del gioco è il posizionamento delle carte. Tre carte colorate vengono posizionate lungo il bordo del tabellone principale in 3 x 5 slot, anch'essi colorati. Idealmente i giocatori possono mettere le carte negli slot dello stesso colore. Quindi possono intraprendere sia azioni che vantaggi: l'azione raffigurata nello slot sulla scheda principale e anche il vantaggio della carta. Azioni e vantaggi possono consentire ai giocatori di assumere materie prime; costruire e potenziare cupole cittadine, tunnel ed edifici di produzione come fattorie, dispositivi di desalinizzazione e laboratori nella propria area subacquea personale; spostare il proprio segnalino sul tracciato dell'iniziativa (che è importante per l'ordine dei giocatori nel turno successivo); per attivare le "A-card" del giocatore; e per collezionare carte, sia speciali che di base che consentono migliori possibilità di decisione durante il gioco. Tutte le quasi 220 carte, speciali o di base, sono divise in cinque tipi a seconda del modo e del tempo di utilizzo. Le aree subacquee dovrebbero essere a doppia faccia, offrendo ai giocatori molte opportunità di ottenere VP e infine vincere.
